O Hospital Bom Pastor conta com 67 leitos de internação (clínica, pediátria, cirúrgica e saúde mental), sendo 47 SUS, serviço de urgência e emergência 24h com 14 leitos de observação (adultos e pediátricos) e ambulatório de especialidades com 5 consultórios médicos.
Possui farmácia interna, serviço de nutrição e dietética com cozinha e refeitório, lavanderia, rouparia e higienização, setor administrativo e setor de manutenção. Os diagnósticos por imagem e exames laboratoriais são terceirizados, mas dentro da estrutura física do hospital.
O Centro Cirúrgico conta com 4 salas cirúrgicas e 10 leitos de recuperação pós-anestésica, além de toda a área de apoio, como salas administrativas, CME e o Centro Obstétrico, com 3 quartos PPP (pré parto, parto e pós parto), berçário e áreas de apoio.
