O Hospital Bom Pastor conta com 87 leitos de internação (clínica, pediátria, cirúrgica e de saúde mental), serviço de urgência e emergência 24h com sete leitos de observação adultos e cinco pediátricos e ambulatório de especialidades com 5 consultórios médicos.

Possui farmácia interna, serviço de nutrição e dietética com cozinha e refeitório, lavanderia, rouparia e higienização, setor administrativo e setor de manutenção. Os diagnósticos por imagem e exames laboratoriais são terceirizados, mas dentro da estrutura física do hospital.

Foram inaugurados recentemente o novo Centro Cirúrgico da instituição, com 4 salas cirúrgicas e 10 leitos de recuperação pós-anestésica, além de toda a área de apoio, como salas administrativas e CME e o Centro Obstétrico, com 3 quartos PPP (pré parto, parto e pós parto), berçário e áreas de apoio.