O Hospital Bom Pastor conta com 67 leitos de internação (clínica, pediátria, cirúrgica e de saúde mental), serviço de urgência e emergência 24h com sete leitos de observação adultos e cinco pediátricos, sala para endoscopia digestiva alta com sala de recuperação pós-sedação, ambulatório de especialidades com 5 consultórios médicos; o centro obstétrico conta com sala de cesárea e sala de parto natural, além de sala de recuperação pós-anestésica com três leitos. Possui farmácia interna, serviço de nutrição e dietética com cozinha e refeitório, rouparia e higienização, setor administrativo e setor de manutenção. Os diagnósticos por imagem e exames laboratoriais são terceirizados, mas dentro da estrutura física do hospital.

Foi inaugurado recentemente o novo Centro Cirúrgico da instituição, com 04 salas cirúrgicas e 10 leitos de recuperação pós-anestésica, além de toda a área de apoio, como salas administrativas e CME.

Também já está aprovado pelos órgãos competentes o projeto do novo prédio, que abrigará unidade de ambulatório para atendimentos eletivos com especialistas e unidade de internação, com enfermarias de três leitos e dois quartos de isolamento, totalizando 41 novos leitos, além de posto de enfermagem para melhor organização das tarefas de assistência, banheiros adaptados para deficientes, copa de apoio, depósito de equipamentos e materiais, rouparia, sanitário de funcionários, DML e sala de utilidades. O projeto está em fase de captação de recursos. Para viabilizar a obra, são necessários aproximadamente R$ 8,5 milhões.