O Hospital Bom Pastor conta com 87 leitos de internação (clínica, pediátria, cirúrgica e de saúde mental), serviço de urgência e emergência 24h com sete leitos de observação adultos e cinco pediátricos, sala para endoscopia digestiva alta com sala de recuperação pós-sedação e ambulatório de especialidades com 5 consultórios médicos.

Possui farmácia interna, serviço de nutrição e dietética com cozinha e refeitório, lavanderia, rouparia e higienização, setor administrativo e setor de manutenção. Os diagnósticos por imagem e exames laboratoriais são terceirizados, mas dentro da estrutura física do hospital.

Foram inaugurados recentemente o novo Centro Cirúrgico da instituição, com 4 salas cirúrgicas e 10 leitos de recuperação pós-anestésica, além de toda a área de apoio, como salas administrativas e CME e o Centro Obstétrico, com 3 quartos PPP (pré parto, parto e pós parto), berçário e áreas de apoio.

No entanto, a estrutura física hoje existente já esgotou todas as possibilidades de ampliação, fazendo-se necessária a construção de um novo prédio que comporte a demanda com eficiência e conforto. Já está aprovado pelos órgãos competentes o projeto para o novo prédio anexo ao corpo principal do hospital, possibilitando a ligação interna com o mesmo e ainda abrindo nova possibilidade de acesso à rua principal através de uma nova portaria exclusiva. O projeto contempla a implantação de uma Unidade de Internação Adulta com capacidade para 40 leitos junto ao pavimento térreo e o funcionamento de um Ambulatório junto ao pavimento subsolo (com acesso direto à rua através de portaria própria). A área de projeto envolvida nessas duas unidades soma 1.980,00 m².
A unidade de Ambulatório apresenta perfil de funcionamento eletivo, ou seja, serão atendidos apenas pacientes previamente agendados para consulta com especialistas de referência macrorregional, acompanhamento de tratamentos, troca de curativos, gesso, aplicação de medicamentos e educação em saúde. Não serão atendidos pacientes em regime de urgência ou emergência e o Ambulatório atenderá em horário comercial.
A unidade de Internação Adulta conta com enfermarias de 03 leitos e dois quartos de isolamento, totalizando 41 leitos. Apresenta duas estruturas de posto de enfermagem a fim de melhor dividir as tarefas de assistência e distribuição da equipe assistencial. Os banheiros de pacientes apresentam 30% de suas unidades adaptadas para portadores de necessidades especiais e a unidade conta com copa de apoio, depósito de equipamentos e materiais, rouparia, sanitários de funcionários, DML e sala de utilidades.
O projeto está em fase de captação de recursos e orçado em aproximadamente R$ 10 milhões.